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RNA測(cè)序又有新發(fā)現(xiàn),PCR Clean助力科研

更新時(shí)間:2024-01-01  |  點(diǎn)擊率:405

CRISPR是一種常用的基因編輯技術(shù),CRISPR/Cas 系統(tǒng)被開發(fā)成一種高效的基因編輯工具。在自然界中,CRISPR/Cas系統(tǒng)擁有多種類別,其中 CRISPR/Cas9 系統(tǒng)是研究最深入,應(yīng)用相對(duì)成熟的一種類別。CRISPR系統(tǒng)在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,需要對(duì)實(shí)驗(yàn)環(huán)境進(jìn)行核酸污染控制。德國(guó)MB公司生產(chǎn)的PCR-Clean,高效清除實(shí)驗(yàn)環(huán)境或?qū)嶒?yàn)儀器上的DNARNA,和各種核酸酶污染,高效清除核酸相關(guān)污染,為分子實(shí)驗(yàn)保駕護(hù)航。

 

轉(zhuǎn)錄終止子,是決定信號(hào)RNA聚合酶(RNAPs)在何處停止,并與DNA解離關(guān)鍵點(diǎn)。然而,由于終止是隨機(jī)的,可能會(huì)產(chǎn)生兩種不同形式的轉(zhuǎn)錄本:一種在終止子處終止,另一種繼續(xù)讀取。能夠控制這些轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的豐度將為生物工程師提供在轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)控多基因構(gòu)建的機(jī)制。

 

近日,科研人員通過(guò)重新利用終止子作為轉(zhuǎn)錄閥",調(diào)節(jié)RNAP讀取的比例,探索了這一可能性。

 

相關(guān)研究發(fā)表在《nature communications》上,文章標(biāo)題為:“Massively parallel characterization of engineered transcript isoforms using direct RNA sequencing"

 

通過(guò)使用混合DNA組裝,科研人員迭代構(gòu)建了1780個(gè)T7 RNAP的轉(zhuǎn)錄閥,并展示了如何使用基于納米孔的直接RNA測(cè)序(dRNA-seq)來(lái)在體外同時(shí)以核苷酸分辨率表征整個(gè)閥門庫(kù),并揭示調(diào)控和隔離終止的遺傳設(shè)計(jì)原則。

 

最后,科研人員為CRISPR引導(dǎo)RNA的多路調(diào)控工程設(shè)計(jì)了閥門。這項(xiàng)工作為控制轉(zhuǎn)錄提供了新的途徑,展示了長(zhǎng)讀取測(cè)序在探索復(fù)雜的序列-功能景觀方面的好處。


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